Skip to main content

Laboratorium Ekologii Molekularnej

Lokalizacja
pracownie: 2.2.9 i 2.2.11 oraz komora 2.2.10a

Kontakt

Kierownik: prof. dr hab. Wiesław Babik (pokój 2.2.5, tel. wew. 5171)

Opiekun laboratorium: mgr Katarzyna Dudek (pokój 2.2.19, tel. wew. 6870), e-mail: katarzyna2.dudek@uj.edu.pl

 

Wyposażenie

  • Sekwenator Illumina MiSeq
  • Sekwenator ABI 3130xl
  • 4 termocyklery: Eppendorf Mastercycler, Eppendorf  Mastercycler Gradient, Biometra TPersonal, SensoQuest Labcycler
  • 5 wirówek: Eppendorf 5415D i 5424 na 24 probówki 1.5 ml, 2 wirówki Eppendorf  5804 z rotorem i adapterami do wirowania płytek i wirówka z chłodzeniem Eppendorf 5430R z rotorem na 30 probówek 1,5-2 ml i rotorem do płytek
  • spektrofotometr Nanodrop ND-1000, fluorometr Qubit 2.0
  • aparatura do elektroforezy na żelach Elchrom Scientific
  • 8 aparatów do elektroforezy na żelach agarozowych
  • homogenizator mechaniczny PRO200
  • 2 systemy archiwizacji żeli: transiluminator podłaczony do cyfrowego aparatu fotograficznego i komputera
  • Instrument do Real Time PCR: FAST7500 Applied Biosystems
  • cieplarka MEMMERT IPP 400 z chłodzeniem
  • wytrząsarka-inkubator New Brunswick Scientific Innova 4230
  • suszarka Pol-Eko
  • maszyna do lodu Scotsman AF100
  • autoklaw
  • komora laminarna

Możliwości

Laboratorium jest dostępne dla pracowników i doktorantów INoŚ oraz dla osób z nimi współpracujących. Można w nim wykonywać szeroką gamę analiz molekularnych:

  • ekstrakcja, ocena ilości i jakości DNA i RNA,
  • PCR i real-time PCR,
  • sekwencjonowanie DNA metodą Sangera,
  • sekwencjonowanie DNA metodą Illumina,
  • analiza długości fragmentów metodą elektroforezy kapilarnej i na żelach Elchrom,
  • genotypowanie SNP techniką mikrosekwencjonowania,
  • analiza konformacyjna jednoniciowych fragmentów DNA (SSCP),
  • klonowanie DNA w wektorach biologicznych,
  • przygotowanie bibliotek genomowych i amplikonowych TruSeq, Nextera i inne,
  • przygotowywanie bibliotek RNAseq,
  • techniki celowanego resekwencjonowania: Sequence Capture and Molecular Inversion Probes.

Usługi wewnętrzne

Laboratorium Ekologii Molekularnej wykonuje analizy na potrzeby wszystkich grup badawczych instytutów Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi UJ. Podstawową analizą jest rozdział elektroforetyczny fragmentów DNA – sekwencjonowanie metodą Sangera oraz genotypowanie. Próby do analizy są przygotowywane samodzielnie przez osoby zainteresowane ich analizą. Cennik znajduje się tutaj.

Regulamin

Postanowienia ogólne

  1. Pracownia Molekularna podlega Instytutowi Nauk o Środowisku (INoŚ) UJ. Obejmuje laboratoria 2.2.9 i 2.2.11 oraz pokój do elektroforezy (2.2.10.a).
  2. Kierownikiem pracowni jest dr hab. Wiesław Babik z Zespołu Ekologii Molekularnej i
    Behawioralnej. W sprawach porządkowych należy kontaktować się z mgr Katarzyną Dudek (pok.2.2.19, tel. wew. 6870).
  3. W Laboratorium mogą przebywać wyłącznie osoby upoważnione przez kierownika pracowni.
  4. Studenci mogą korzystać z Pracowni tylko za zgodą kierownika pracowni. Warunkiem otrzymania zgody jest:
    • przedstawienie kierownikowi pisemnej zgody od opiekuna pracy licencjackiej lub magisterskiej,
    • przeszkolenie odnośnie zasad funkcjonowania pracowni oraz zasad pipetowania,
    • zapoznanie się z niniejszym Regulamniem potwierdzone na piśmie.
  5. Opiekun musi posiadać zgodę na korzystanie z pracowni i zobowiązać się do przeszkolenia studenta. Opiekun odpowiada za studenta i sprawuje nadzór nad jego pracą.
  6. Przed rozpoczęciem pracy nad nowym projektem należy o tym zawiadomić kierownika pracowni. Należy zgłosić osoby uczestniczące w projekcie oraz techniki, które będą wykorzystywane.
  7. Nieprzestrzeganie ninijszego regulaminu pociągnie za sobą cofnięcie zgody na korzystanie z pracowni. Złamanie regulaminu przez studentów spowoduje wyciągnięcie konsekwencji względem ich opiekunów.

Organizacja Pracowni

  1. Laboratorium 2.2.9 służy do pracy po PCR, a laboratorium 2.2.11 do pracy przed PCR.
  2. Między pracowniami nie wolno przenosić żadnych przedmiotów (pipet, szkła, plastików) ani odczynników..
  3. Wszystkie odczynniki, bufory i "plastiki" (ependorfy, końcówki do pipet) muszą być podpisane nazwą zakładu. Nie wolno korzystać z przedmiotów należących do innego zakładu.
  4. W Pracowni znajdują się przedmioty ogólnego użytku (odczynniki, stojaki, końcówki) podpisane "PM" lub "LEM" (bez nazwy zakładu).
  5. Każdy zakład otrzymuje podpisaną półkę w lodówce i w zamrażarce. Nie wolno umieszczać próbek na półkach należących do innych zakładów. Próbki muszą być podpisane - w przeciwnym razie będą usuwane.

Bezpieczeństwo i higiena pracy

  1. Wszystkie czynności należy wykonywać zgodnie z przepisami i zasadami BHP oraz z instrukcjami szczegółowymi.
  2. Stosujący substancje niebezpieczne powinien posiadać kartę charakterystyki tej substancji, zapoznać się z jej treścią i zastosować przewidziane środki bezpieczeństwa.
  3. Z materiałem biologicznym (DNA, RNA) należy pracować w rękawiczkach.
  4. W przypadku, gdy warunki pracy nie odpowiadają przepisom BHP i stwarzają bezpośrednie zagrożenie dla zdrowia lub życia, należy powstrzymać się od wykonywania pracy, zawiadamiając o tym niezwłocznie przełożonego.
  5. Po zakończeniu pracy należy:
    • Uporządkować stanowisko pracy, zwracając szczególną uwagę na odpowiednie zabezpieczenie niebezpiecznych substancji i preparatów chemicznych.
    • Przetrzeć stół roztworem chloru.
    • Sprawdzić, czy urządzenia oraz sprzęt są odpowiednio zabezpieczone np. przed upadkiem, przypadkowym włączeniem, niekontrolowanym wypływem gazu, itp.
    • Wyłączyć zasilanie elektryczne maszyn i urządzeń, sprawdzić zamknięcie instalacji wodnej i gazowej. Jeśli urządzenie jest pozostawione celowo włączone należy zostawić informację kto jest za to odpowiedzialny.
  6. Wszystkie przedmioty pozostające po skończonej pracy nie na swoich miejscach będą usuwane.

Uwagi porządkowe

  1. W laboratorium znajduje się apteczka, wyposażona w niezbędne środki farmaceutyczne i materiały medyczne.
  2. Prace w zakresie konserwacji i naprawy instalacji i urządzeń elektrycznych mogą być wykonywane wyłącznie przez osoby posiadające odpowiednie uprawnienia. Każda awaria urządzenia lub instalacji winna być niezwłocznie zgłoszona kierownikowi zakładu lub służbom technicznym (tel. 6744, 5135, 5121)
  3. Spożywanie posiłków i napojów w laboratoriach jest zabronione.
  4. Zabrania się wnoszenia do laboratoriów płaszczy, kurtek, toreb i plecaków.
  5. Okna w laboratoriach mogą być otwierane wyłącznie w sytuacjach awaryjnych.